Selles olukorras otsustas õigeusu, protestandi, katoliku ja juudi vaimulikkond koos tegutseda. Algatus tuli pastor dr Traugott Hahnilt, kes oli Tartu Ülikoolis teoloogia professor. Delegatsiooni neis küsimustes võttis piiskop Platon heal meelel vastu, ehkki ta ise veel haigena voodis lamas. Piiskop ütles: „Meid saab ainult alistada puhta jõu läbi. Me teenime kirikut ja oma kogudusi. Kui peaks ootama väljasaatmine või surm, ei tohi me ikkagi alla anda.” Rahusuudlusega ja õnnistustega jätsid vaimulikud üksteisega jumalaga ja piiskop lisas: „Kui rasked ka poleks ajad, mis Jumal on meile saatnud, ometi on see täis õnnistust, sest nüüd saame me mõistma rohkem, kui kunagi enne, mida oleksime pidanud juba ammu aru saama – nimelt, et kõikvõimalikke erinevaid nimesid kandvate uskude vahel on vaid inimeste ehitatud seinad. Kõrgel üle nende seinte on Jumal oma aujärjel – ja tema on meie kõigi taevane Isa.”

2. jaanuari õhtul vangistati piiskop Platon koos oma ülemdiakoni Konstantin Doriniga tänaval, mõned meetrid kodust eemal. Kolmekümnest relvastatud mehest koosnev valvesalk viis nad miilitsastaapi. Siin hõiskasid enamlased rõõmu pärast, kui nad kuulsid, et üks kinnivõetuist oli Eesti õigeusu piiskop Platon. „See’p see kurat on, keda meile tarvis,” hüüdsid punakaartlased. Komissar käskis piiskopil isegi kingad jalast võtta, et sealt kulda leida. Nõnda algas piiskop Platoni vangipõli, mis kestis 12 päeva. Kuna piiskop eitas kõiki endale esitatud süüdistusi ja keeldus isegi oma ülekuulmisprotokollile alla kirjutamast, viidi ta Kompanii tänav 5 Krediidikassa keldrisse, mida enamlikud võimumehed vanglana kasutasid. Oma vangistuse ajal lohutas ja julgustas piiskop Platon kõiki teisi vange. Ta pani oma panagia särgi alla, et mahalaskmise juhul oleks võimalik teda ära tunda.

Vangis sunniti piiskop Platonit paljaste kätega vangide väljakäiku puhastama. See oli pühapäeval, 12. jaanuaril. Samal õhtul teadis piiskop juba kindlasti, et ta hukatakse. Ta palus oma kaasvange, et nad annaksid tema viimase õnnistuse õigeusu rahvale ja kogudustele, kui see peaks nii juhtuma. Ta soovitas neil võimaluse korral enamlaste terrori eest põgeneda, kuid esimesel võimalusel tagasi pöörduda. Oma vangistuse ajal luges piiskop Platon tihti oma kreekakeelset evangeeliumi, eriti Matteuse 24. peatükki. Pool tundi enne oma surma luges piiskop koos pastor Hahniga Kristuse kannatamisest Markuse evangeeliumi 15. peatükist. 14. jaanuaril 1919. aastal umbes kell 10 hommikul kutsus üks komissar koos kahe punakaartlasega piiskop Platoni välja. Eelmise öise ülekuulamise ajal oli komissar nõudnud, et piiskop jätaks evangeeliumi lugemise. Selle peale oli piiskop Platon vastanud: „Niipea, kui ma vabaks saan, laidan ma Jumalat.” Pärast piiskopi äraviimist mõne aja pärast kuulsid vangid keldrist püssilaske. Siis kästi välja tulla ülempreester Nikolai Bežanitskil, ülempreester Mihhail Bleivel ja professor Hahnil. Üks pealtnägija, kes töötas parajasti ruumis, kus vangide riideid hoiti, tunnistas, et nägi aknast, kuidas vangid keldrisse viidi ja seal tapeti. Ta kuulis, kuidas piiskop Platonit peksti, kuid tema suust ei tulnud ainsatki karjet. Umbes veerand tunni pärast kuulis ta laske keldrist, kuhu vangid aluspesus olid aetud. Pärast piiskop Platoni tapmist hukati veel ülempreester Nikolai Bežanitski ja Mihhail Bleive ning pastorid Traugott Hahn ja Wilhelm Schwartz koos 14 auväärse Tartu linna kodanikuga. Kohe seejärel jõudsid pärast raskeid võitlusi Tartu kesklinna Eesti väed. Vangla uksed löödi kirvega puruks ja sõdurid hüüdsid; „Te olete vabad!” Vabastamise rõõm muutus õuduseks, kui nad leidsid keldrist komissaride ja punakaartlaste poolt tapetute kehad.

Dr Wolfgang Reyheri avalduses, kes esimesena keldrisse astus, öeldakse, et terve põrand oli kaetud laipadega, mis asusid kõige ebaloomulikumates asendites, andes tunnistust äkilisest ja vägivaldsest surmast. Keldri keskel oli kolm kihti surnukehi. Kuulid olid lastud pealuudesse otsesihtimisega.

Laibad viidi ülikooli anatoomikumi, kus ohvrite sugulased võisid neid ära tunda. Piiskop Platoni rinnal, tema särgi alt leiti tema panagia, piiskopiameti tunnus. Seda kandsid hiljem tema järeltulija, metropoliit Aleksander ja Ravenna piiskop Jüri, ja seda austavad eesti õigeusulised kui pühaku reliikviat. Arstlik ja kohtulik ekspertiis tuvastas, et piiskop Platon torgati läbi täägiga, rinnast leiti seitse täägihaava. Rinda oli lastud kuule, üks ka läbi vasema õla ja läbi parema silma. Kolju tagakülg oli sisse pekstud. Enne surma oli piiskoppi piinatud.

Vägesid, kes Tartu vabastasid, juhatas Eesti Vabadussõja kangelane leitnant Julius Kuperjanov. Tartust läks ta ka Valgat vabastama, kus sai surmavalt haavata ja suri Tartus 2. veebruaril.

Piiskop Platoni ja teiste ohvrite tapmise käsu andsid ja viisid täide komissarid Kull, Rätsep ja Otter, kes Kuperjanovi tulles hirmuga põgenesid. Niipea, kui teated Tartu veretööst Pariisi jõudsid, saatis Eesti delegatsiooni pressiatašee Pariisi Rahukonverentsil Eduard Laaman informatsiooni selle kohta maailma juhtivatele ajalehtedele, kuid selle avaldas ainult „New York Herald”. Eesti delegatsiooni juht välisminister Jaan Poska korraldas, et Pariisi õigeusu katedraalis peetaks piiskop Platoni ja teiste ohvrite mälestuseks hingepalve. Teenistusel viibisid kõik Eesti delegatsiooni esindajad eesotsas Jaan Poskaga.